آب آلوده از دو طریق، اثرات جدی برکشاورزی می گذارد:

1- آلودگی آب رودخانه ها یا آبهای زیرزمینی  و تصفیه اب ها که برای کشاورزی مورد استفاده قرارمی گیرند:

این آلودگی ها یا مستقیماً به محصولات کشاورزی آسیب وارد می کند یا آن که به طور غیرمستقیم بر رشد محصولات ، اثرمی گذارد.

2- آلودگی ناشی از تغییرخصوصیات فیزیکی وشیمیایی خاک :

این نوع آلودگی به طور غیرمستقیم برتولیدات کشاورزی اثر می گذارد زیرا فعالیت میکروارگانیسمهای درون خاک تحت تأثیر این آلودگی قرار م یگیرد.

پیامد این امر رشد محصولات کشاورزی، مختل می شود. نمونه ای بارز از این تأثیر در مزارع برنج (شالیزارها) مشهود است.

یکی از بارزترین مسائل، اثرکودپاشی غیرضروری ترکیبات نیتروژن است و آثار آن برای آب آشامیدنی و دستگاه تصفیه اب مشهود می باشد.

 نیتروژن یک ماده مغذی و یکی ازعناصری است که وجود آن برای گیاهان ضروری بوده و معمولاًبه صورت کود و به مقدار فراوان بکار برده می شود.